1995

أصبح فيصل الحسيني مسؤولا عن ملف القدس في منظمة التحرير الفلسطينية واتخذ من "بيت الشرق" مقـراً له.

1996

انتخب عضوا في اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية. وتصدى الراحل الكبير للسياسة الإسرائيلية في القدس التي بلغت ذروتها في فتح النفق اسفل الحرم الشريف.

تصدى للقوات الإسرائيلية خلال أحداث النفق 

1997

تصدى للقوات الإسرائيلية دفاعاً عن أراضي جبل أبو غنيم التي أصدرت الحكومة الإسرائيلية قراراً بتحويله لمستوطنة

واصل فيها طوال السنوات التالية لسنة 1997 بناء شبكة علاقات مع مختلف الأقطار العربية والأجنبية بهدف شرح المخاطر التي تهدد مستقبل ومصير القدس، وكذلك بهدف الحصول على دعم مالي للعديد من المؤسسات المقدسية.

1999

حصل على جائزة مؤسسة جلايتسمان الأمريكية للسلام.

2000

تصدى فيصل ومعه أبناء المدينة للجولة الاستفزازية التي قام بها أرئيل شارون للحرم الشريف، والتي أدت بالتالي إلى اندلاع الانتفاضة الثانية في 28 أيلول 2000.