تقوم المؤسسة بالعمل مع كل مدرسة على حدا، حيث تقوم بالتالي:

1. تطوير البنية التحتية والمرافق والأجهزة في المدارس بحيث تخدم متطلبات عملية التعليم والتعلم.
2. تطوير الخدمات التعليمية و بناء القدرات.
3. تطوير رؤى تعليمية.
4. تطوير مهارات الهيئة الدراسية.
5. إضافة حصص لا منهجية.

برنامج تحفيز الطلبة المبدعين و المتفوقين

طورت مؤسسة فيصل الحسيني هذا البرنامج في العام الدراسي 2002-2003 لتشجيع الطلبة المتفوقين على الاستمرار في التفوق، ولتقدير جهودهم خاصة في هذه الأوقات الصعبة التي يمر بها شعبنا، وفي محاولة أيضا لتعزيز الانتماء.
يقتصر هذا البرنامج على طلبة المدارس التابعة لمديرية التربية والتعليم التابعة لدائرة الأوقاف العامة والتي تخدم 12,663 طالبا. حيث يحصل الطلاب المتفوقون على شهادة فيصل الحسيني للطالب المتفوق بالإضافة إلى جائزة رمزية تحمل معان أرادت المؤسسة التركيز عليها، خاصة في ظروف الإغلاق المفروض على مدينة القدس ومحاولة عزلها عن باقي المدن الفلسطينية.
كما تم تطوير برنامجا يختص بالطلبة المبدعين وذلك ضمن برنامج يتضمن تأهيل المعلمين لمتابعة مشاريع الطلبة المبدعين في مواضيع الرياضيات والعلوم والتكنولوجيا. ويختص هذا البرنامج بطلبة صفوف السابع والثامن والتاسع في المدارس التابعة لمديرية التربية والتعليم. ويستمر هذا البرنامج مدة ثلاثة اشهر وينتهي بعروض لمشاريع الطلبة المبدعين ومن ثم اختيار أفضل ثلاثة أعمال إبداعية في كل مجال.

برنامج مساعدات صغيرة لدعم بناء القدرات

تعاني العديد من المدارس في القدس من عدم توفر ما يكفي من أجهزة الكمبيوتر والطابعات وماكينات التصوير والسحب الأمر الذي يؤثر سلبا على أداء الإدارة، بالإضافة إلى عدم توفر برامج الحاسوب الإدارية التي تسهم في تيسير العمل الإداري في المدارس وتطوير إدارة المعلومات لضمان تخطيط أكثر فاعلية، كما لا يتوفر لدى المدارس ما يكفي من الوسائل التعليمية المساندة، وبالتالي تم تطوير هذا البرنامج لدعم احتياجات طارئة للمدارس