وفي صيف 1994 تسلمت السلطة الفلسطينية قطاع التعليم بأكمله في الضفة الغربية وقطاع غزة، إلا أن إدارة التعليم العام في القدس لم تندرج تحت مظلة فلسطينية تربوية موحدة. وهي تخضع الآن لخمس جهات مختلفة:

1. وزارة التربية والتعليم الفلسطينية: تشرف على مدارس القطاع الحكومي في المناطق التي لم تضمها إسرائيل إليها.
2. دائرة الأوقاف العامة: وتضم مدارسها جميع مراحل التعليم العام.
3. وكالة الغوث الدولية: تشرف على مدارس اللاجئين الفلسطينيين، وتضم هذه المدارس المرحلة الأساسية فقط.
4. وزارة المعارف الإسرائيلية وبلدية القدس المحتلة: وتضم مدارسها المرحلة الأساسية للوزارة والمرحلة الثانوية للبلدية.
5. المؤسسات العربية والأجنبية والمدارس الأهلية الأخرى: وتضم مدارسها جميع مراحل التعليم العام ورياض الأطفال.

ومن أهم مشاكل قطاع التعليم عدم توفر ما يكفي من الغرف الصفية للأعداد المتزايدة للطلبة، بالإضافة إلى أن الأبنية المدرسية المتوفرة هي في غالبها بيوت سكنية قديمة ومستأجرة لا تحتوي على المرافق التعليمية الأساسية، مثل الغرف الصفية المناسبة أو الملاعب، ناهيك عن المختبرات و الأجهزة الرياضية و الوسائل التعليمية. هذا عدا عن كون الغرف الصفية مكتظة وتفتقد الشروط الأساسية لصحة وسلامة الطلاب حيث يعانون فيها من الرطوبة وسوء التهوية.

ومن مشاكل قطاع التعليم الأخرى: قصر اليوم الدراسي والانخفاض الحاد في رواتب المعلمين بالمقارنة مع مستوى المعيشة المرتفع في القدس نتيجة ما تفرضه سلطات الاحتلال من ضرائب باهظة على جميع نواحي حياة الإنسان المقدسي؛ مما يؤثر على أداء المعلم نظراً لاحتياجه لتوفير دخل إضافي له. وهذه المشاكل بمجملها تؤدي إلى ضعف مستوى التعليم والتحصيل العلمي لدى الطلاب، وتسربهم من المدارس.